Actualmente los programas que se ofrecen son los siguientes:

Facultad de Agronomía e Ingeniería Forestal

• Magíster en Sistemas de Producción Animal
• Magíster en Fisiología y Producción Vegetal
• Magíster en Economía Agraria y Ambiental
• Magister en Gestión de Empresas Agroalimentarias
• Magíster en Recursos Naturales

Facultad de Arquitectura, Diseño y Estudios Urbanos

• Escuela de Arquitectura
  -  Magíster en Administración de la Construcción (Fac. de Arquitectura, Diseño y Estudios Urbanos/ Fac. de Ingeniería)
  -  Magíster en Arquitectura
  -  Magíster en Arquitectura del Paisaje
  -  Magíster en Proyecto Urbano
  -  Magíster en Arquitectura Sustentable y Energía
• Escuela de Diseño
  -  Magíster en Diseño Avanzado
• Instituto de Estudios Urbanos y Territoriales
  -  Magíster en Asentamientos Humanos y Medio Ambiente
  -  Magíster en Desarrollo Urbano
• Magíster en Patrimonio Cultural UC (Ingeniería, Arte, Historia, Geografía y Ciencias Políticas, y Arquitectura, Diseño y Estudios Urbanos)

Facultad de Artes

• Magíster en Artes, mención en: Música, Artes Visuales y Estudios y Prácticas Teatrales 
• Magíster en Patrimonio Cultural UC (Ingeniería, Arte, Historia, Geografía y Ciencias Políticas, y Arquitectura, Diseño y Estudios Urbanos)

Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas

• Escuela de Administración 
  -  Magíster en Administración de Empresas: MBA UC
  -  Magíster en Gestión de personas (Esc. de Administración/ Esc. de Psicología)
  -  Magíster en Administración de Salud (Esc. de Administración/ Esc. de Medicina)
  -  Magíster en Innovación (Esc. de Ingeniería/ Esc. de Administración)
  -  Magíster en Finanzas

• Instituto de Economía
  -  Magíster en Economía
  -  Magíster en Economía Aplicada
• Escuela de Gobierno
  -  Magíster en Políticas Públicas
  

Facultad de Ciencias Sociales

• Escuela de Psicología
  -  Magíster en Psicología Clínica 
  -  Magíster en Psicología mención Psicología Educacional
  -  Magíster en Psicología Laboral - Organizacional
  -  Magíster en Psicología de la Salud
  -  Magíster en Gestión de personas (Esc. de Administración / Esc. de Psicología)
• Escuela de Trabajo Social
  - Magíster en Trabajo Social
  - Magíster en Trabajo Social y Familia
• Instituto de Sociología
  -  Magíster en Sociología
  -  Magíster en Diseño y Análisis de Encuestas Sociales
• Escuela de Gobierno
  -  Magíster en Políticas Públicas
  

Facultad de Comunicaciones

• Magíster en Comunicación Estratégica 
• Magíster en Comunicación Social con mención en Comunicación y Educación
• Magíster en Periodismo Mención Prensa Escrita

Facultad de Derecho

• Magíster en Derecho, LLM
• Magíster en Derecho de la Empresa LLM, internacional
• Escuela de Gobierno
  -  Magíster en Políticas Públicas
  

Facultad de Educación

• Magíster en Educación

Facultad de Física

• Magíster en Física 
• Magíster en Física Médica
• Magíster en Astrofísica

Facultad de Filosofía

• Instituto de Estética
  -  Magíster en Estéticas Americanas
  -  Magíster en Estudios de Cine

Facultad de Historia, Geografía y Ciencia Política

• Instituto de Ciencia Política
  - Magíster en Ciencia Política
• Instituto de Geografía
  - Magíster en Geografía y Geomática
• Instituto de Historia
  - Magíster en Historia
• Magíster en Patrimonio Cultural UC (Ingeniería, Arte, Historia, Geografía y Ciencias Políticas, y Arquitectura, Diseño y Estudios Urbanos)
• Escuela de Gobierno
  -  Magíster en Políticas Públicas
  

Facultad de Ingeniería

• Escuela de Construcción Civil
  -  Magíster en Construcción
  -  Magíster en Construcción sustentable
• Escuela de Ingeniería
  - Magíster en Ciencias de la Ingeniería
  - Magíster en Ingeniería Industrial
  - Magíster en Ingeniería de la Energía
  - Magíster en Ingeniería Estructural y Geotécnica
  - Magíster en Innovación (Esc. de Ingeniería/ Esc. de Administración)
  - Magíster en Procesamiento y Gestión de la Información (Esc. de Ingeniería/ Fac. de Letras/ SIBUC)
  - Magíster en Tecnologías de Información y Gestión
  - Magíster en Administración de la Construcción (Fac. de Arquitectura, Diseño y Estudios Urbanos/ Fac. de Ingeniería)
• Magíster en Patrimonio Cultural UC (Ingeniería, Arte, Historia, Geografía y Ciencias Políticas, y Arquitectura, Diseño y Estudios Urbanos)
• Escuela de Gobierno
  -  Magíster en Políticas Públicas
  

Facultad de Letras

• Magíster en Letras, mención Lingüística
• Magíster en Letras, mención Literatura
• Magíster en Lingüística Aplicada al Inglés como Lengua Extranjera
• Magíster en Traducción del Inglés al Español
• Magíster en Procesamiento y Gestión de la Información (Esc. de Ingeniería/ Fac. de Letras/ SIBUC)

Facultad de Matemáticas

• Magíster en Estadística
• Magíster en Matemática
• Magíster en Ciencia Actuarial

Facultad de Medicina

• Escuela de Enfermería
  - Magíster en Enfermería
  
• Escuela de Medicina
  - Magíster en Administración de Salud (Esc. de Administración/ Esc. de Medicina)
  - Magíster en Bioética
  - Magíster en Educación Médica
  - Magíster en Epidemiología
  - Magíster en Nutrición 
  - Magíster de Investigación en Ciencias de la Salud
  
- Magíster en Salud Pública

Facultad de Teología

• Magíster en Teología